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環濠内の集落からは、これまでの調査範囲で10数か所の井戸、井戸跡が出ています。
環濠の水も、いろいろな生活用水として使われていたと思われますが、飲料水は井戸から汲んでいたのでしょう。大きい井戸は直径約３ｍ、深さ約２ｍ、小型の井戸は直径約１ｍ、深さ約１ｍでした。井戸から、壷の胴体にツルをカゴ目に編んだように巻きつけた籠目土器が出ています。これは、水を汲み上げる釣瓶（つるべ）に使ったと思われます。
井戸跡の底は砂地で、発掘すると今でも水がしみてきます。弥生時代にはもっと水が湧いていたでしょう。

環濠や井戸の深いところには、当時の動植物遺体がたくさん埋もれています。
これらの中には、当時の人たちの食生活をうかがうことのできる痕跡がいろいろと見つかっています。
出土した遺物の断片から、どんな種類の穀物や魚か判定するために、琵琶湖博物館をはじめ多くの研究機関の
協力を得て自然科学分析、DNA分析を行いました。
この結果、下之郷にいた弥生人は次のような食べ物をとっていたことが分かりました。

出土した稲籾

稲籾のDNA分析

炭化していない米粒のDNA鑑定行ったところ、熱帯ジャポニカと温帯ジャポニカがあり、しかもそれらは複数の品種があったことがわかりました。
これまで稲作は、温帯ジャポニカが中国〜朝鮮経由で伝わったと考えられており、下之郷遺跡で発掘された稲籾の中に「熱帯ジャポニカ」があったことは思いもよらぬ発見でした。これは、炭化していない籾が見付かったことにより、DNA鑑定が可能となったことによる成果です。
東南アジアから海を渡って熱帯ジャポニカが伝わってくるルートがあったと考えられます。
また、複数の種類のお米が同じ場所から見つかったということからは、当時の稲作のやり方を推測できます。まだ稲作技術が未熟だった当時、稲が一斉に気候や害虫などの被害を受けるリスクを避けるため、異なる種類の稲を同時に植えていたのでしょう。